Les tests salivaires : quel avantage dans la lutte contre le Covid-19?
Dans le cadre de la lutte contre le Covid-19, la Haute Autorité en Santé a rendu un avis favorable à l’utilisation de prélèvement salivaire pour la détection du Covid-19 par RT-PCR le 10 février 2021[1]. Cet avis se base notamment sur la méta-analyse de plus de 65 essais. La Société française de microbiologie a publié le 17 février ses recommandations quant au mode opératoire, que nous découvrons ici.
De quoi parle t’on ?
Il s’agit ici de détecter le génome du virus SARS-CoV-2 par la technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire. On parle plus couramment de test RT-PCR salivaire.
Attention, il ne s’agit pas de test antigénique, qui détecte la présence des antigènes du Covid-19 et qui requiert aujourd’hui un prélèvement nasopharyngé.
Pour résumer, on associe ici un mode de prélèvement plus facile à la méthode de référence, le RT-PCR.
Pour quelles personnes ?
Les tests salivaires sont adressés en priorité pour les personnes asymptomatiques lors de dépistage à large échelle sur des populations fermées (écoles, collèges, lycées, université, personnels d’établissement de santé, d’Ehpad). Le prélèvement salivaire est privilégié car cette méthode est moins invasive et mieux acceptée que le prélèvement nasopharyngé.
En 2eme intention, ces tests peuvent être faits pour des personnes symptomatiques et des cas contacts lors du contact-tracing, seulement si le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficile (par exemple en cas de d’enfants jeunes, de patients présentant des troubles psychiatriques, de déviation de la cloison nasale,…).
Quelle performance ?
La sensibilité de la salive se situe entre 80 et 95% de celle recueillie par l’écouvillonnage nasopharyngé. Les études citées dans l’avis de la HAS montrent que la sensibilité de la salive, quoique moindre que celle de prélèvement nasopharyngé reste supérieure à au seuil minimal de 80% fixé par la HAS. Néanmoins une forte hétérogénéité de sensibilité s’observe entre et au sein même des essais cliniques, ce qui souligne l’importance de suivre un mode opératoire et des critères de performance très clairs.
Comment et quand ?
Le test RT-PCR salivaire peut être réalisé à tout moment de la journée. Il faut impérativement que les personnes participant au test attendent 30 min après la dernière prise de boisson, d’aliment, de cigarette, de brossage de dent ou de rinçage bucco-dentaire avant de réaliser le prélèvement.
Le recueil doit se faire sans effort de toux ni raclement de gorge, après que la personne testée salive dans la bouche plusieurs fois durant 30 secondes afin de générer un volume suffisant.
Dans le cadre d’un dépistage ciblé (recommandé seulement si le prélèvement nasopharyngé n’est pas possible), le test salivaire doit être réalisé 7 jours après le début des symptômes ou 7 jours après le dernier contact avec la personne positive à la Covid-19.
Quel avantage ?
Cette nouvelle solution est plus acceptable pour des dépistages à large échelle, dispositif clé dans la stratégie de lutte contre la Covid-19 :
– Étant moins invasive et douloureuse que prélèvement nasopharyngé.
– Ne nécessitant pas un personnel qualifié au prélèvement nasopharyngé
– Ne nécessitant pas de matériel spécifique comme l’écouvillon, plus à risque de se trouver en situation de pénurie.
– Permettant de tester en parallèle plusieurs personnes grâce à l’auto-prélèvement supervisé.
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Les limites :
Ce mode prélèvement n’amène pas de gain de temps par rapport à un prélèvement nasopharyngé, car l’analyse RT-PCR se fait sur les mêmes machines dans les deux cas. Se pose alors la question de la priorité entre les tests à grande échelles par prélèvement salivaire et ceux de dépistage ciblé par prélèvement nasopharyngé pour éviter l’engorgement des laboratoires et l’allongement des délais d’obtention des résultats qui ont été constaté en 2020.
Le traitement sera sans doute différent selon le mode de prélèvement (crachat induit, crachat salivaire, liquide salivaire) car la salive est un liquide complexe qui peut nécessiter des traitements post prélèvement qui pourrait interférer avec certaines techniques d’analyse biologique.
Tests RT-PCR salivaires, tests RT-PCR nasopharyngés ou tests antigéniques nasopharyngés, que choisir ?
Ces tests ne répondent pas aux mêmes objectifs, ni aux mêmes conditions de réalisation.
– Le test RT PCR salivaire permet des dépistages à grande échelle, et pourrait même être associé à du pooling de test (affaire à suivre avec la HAS). Néanmoins les méthodes de recueil recommandées pour le dépistage à grande échelle (l’auto-prélèvement supervisé ou non notamment) et la complexité de l’analyse de la salive, ne dispensent pas les personnes nécessitant un dépistage individualisé de passer par un test antigénique ou RT-PCR nasopharyngé. Le test RT-PCR salivaire n’est pas compatible avec un rendu de résultat dans un cadre réglementaire (test obligatoire, transport aérien, aptitude au travail).
– Les tests salivaires ne sont pas prévus en dehors d’un cadre précis de dépistage massif, principalement au sein les établissements éducatifs. Pour un accès facile au dépistage individualisé, les tests antigéniques en pharmacie et les tests RT-PCR nasopharyngés en laboratoire restent la référence.
– Les tests antigéniques restent les seul à offrir la possibilité d’un résultat en une dizaine de minutes.
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[1] cf. Avis HAS n°2021.0007/AC/SEAP du 10/02/2021
- Avis de la Haute Autorité de Santé (HAS) concernant le prélèvement salivaire :
- – Avis n° 2021.0005/AC/SEAP du 22 janvier 2021 du collège de la HAS relatif à la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire.
- – Avis n° 2021.0007/AC/SEAP du 10 février 2021 du collège de la HAS relatif aux modifications des conditions d’inscription sur la LAP mentionnée à l’article L. 162-1-7 du CSS, à la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire.
- Fiche SFM de « Recommandations pour le diagnostic spécifique de la COVID-19 en biologie délocalisée », Version 2 Janvier 2021. https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2021/02/Avis-SFM-salive-SARS-CoV-2-V2-_-MAJ-fev-2021-_-def-21022021.pdf
- https://www.lemonde.fr/planete/article/2021/01/29/covid-19-la-haute-autorite-de-sante-ouvre-la-porte-aux-tests-salivaires-en-france_6068005_3244.html
