Publié en mai 2026, le rapport annuel de la Cour des comptes sur l’application des lois de financement de la sécurité sociale dresse un constat préoccupant sur les finances sociales. Mais au-delà des chiffres budgétaires, un sujet ressort avec force : la prescription médicale.
Volume de prescriptions élevé, recours encore important au papier, difficultés de traçabilité, risques de fraude, manque d’outils d’aide à la décision… Pour la Cour des comptes, la prescription n’est plus seulement un acte administratif ou médical isolé. Elle devient un levier central de sécurisation, de responsabilisation des acteurs de santé et de maîtrise des dépenses.
Une France très prescriptrice
La France affiche un taux de prescription parmi les plus élevés d’Europe.
👉 78 % des consultations chez un médecin généraliste débouchent sur une ordonnance, contre 53 % au Royaume-Uni ou 30 % en Suède. La Cour des comptes pointe un volume d’actes et de prescription que les seules actions de prévention peinent à infléchir.
Ce chiffre illustre un enjeu de fond : les politiques de prévention et les campagnes de sensibilisation, si utiles soient-elles, ne suffisent pas toujours à faire évoluer durablement les pratiques. Pour agir sur les volumes, la pertinence et la sécurité des prescriptions, les professionnels de santé doivent pouvoir s’appuyer sur des outils intégrés à leur pratique quotidienne.
Le papier reste un maillon faible de la chaîne de soins
« La dématérialisation des prescriptions constitue un enjeu de sécurisation et un outil de responsabilisation des prescripteurs. Elle garantit l’intangibilité de la prescription et sa traçabilité, permet de prévenir le vol et le détournement des formulaires papier. »
La Cour des Comptes insiste sur l’importance de la dématérialisation des prescriptions. Elle y voit un enjeu de sécurisation, de traçabilité et de responsabilisation des prescripteurs.
Une prescription électronique permet en effet de mieux garantir l’intégrité de l’ordonnance, de limiter les risques de perte, de falsification ou de détournement, et de faciliter les contrôles par l’Assurance maladie.
Le cas des transports sanitaires est particulièrement abordé dans le rapport. Malgré une progression importante ces dernières années, seules 17 % des prescriptions de transport étaient électroniques fin 2024. Plus frappant encore : le taux de factures télétransmises comprenant une prescription en ligne restait limité à 0,1 % en 2024.
Le SPEI : une expérimentation qui tarde à décoller
Le SPEI s’inscrit dans la même logique que les solutions de prescription électronique utilisées en ville : intégrer la prescription dans les outils métier, sécuriser le flux et le rendre exploitable par l’Assurance maladie. Le SPEI est expérimenté depuis 2021.
Résultat cinq ans après son lancement : 4 établissements et 17 sites seulement sont raccordés. La Cour identifie des problèmes persistants d’authentification des prescripteurs comme principal verrou technique.
Certaines structures hospitalières disposent déjà de logiciels capables de produire des prescriptions dématérialisées. Mais faute d’accès au téléservice SPEI, ces outils restent parfois déconnectés des flux nationaux. Le numérique existe donc, mais il demeure fragmenté.
Pour la Cour, les chantiers engagés par la CNAM doivent être accélérés, notamment pour les prescriptions de transport, les demandes d’accord préalable et la constitution d’une base nationale unique.
3 leviers identifiés par la Cour des Comptes pour moderniser le parcours de prescription
🔹 Adopter l’ordonnance numérique
L’ordonnance numérique permet d’assurer sa traçabilité et de réduire les risques de fraude. Elle concerne plusieurs champs clés : médicaments, transports sanitaires, arrêts de travail, etc…
🔹 Déployer des outils d’aide à la prescription
La Cour souligne que les campagnes de sensibilisation doivent être complétées par des outils concrets, capables d’accompagner les professionnels de santé au moment de prescrire.
Ces outils peuvent aider à rappeler les recommandations, à alerter sur certaines situations atypiques ou à positionner la pratique d’un prescripteur par rapport à celle de ses pairs.
🔹 Coordonner les parcours de soins numériquement
Le rapport rappelle également que les hospitalisations inadéquates ont un coût important pour le système de santé. Leur réduction passe par une meilleure organisation des parcours, notamment entre la ville, l’hôpital et le secteur médico-social.
Les outils numériques peuvent jouer un rôle important dans cette coordination, à condition d’être interopérables, intégrés aux usages des professionnels et réellement connectés aux flux de soins.
SADM : un potentiel encore sous-exploité
Les systèmes d’aide à la décision médicale (SADM) ne font pas l’objet d’un chapitre dédié dans le rapport. Pourtant, ils apparaissent en filigrane comme une réponse possible à plusieurs problèmes identifiés par la Cour.
L’exemple des soins dentaires est parlant : 66 % des prescriptions d’antibiotiques en dentaire ne seraient pas justifiées. Les campagnes de sensibilisation ont produit une baisse temporaire, mais celle-ci ne s’est pas maintenue dans le temps : après un recul de 2,8 % entre 2022 et 2023, les prescriptions sont revenues dès 2024 à leur niveau de 2022.
Pour ancrer durablement les bonnes pratiques, la Cour appelle donc à dépasser la seule logique de sensibilisation. Les professionnels doivent pouvoir bénéficier d’outils d’aide à la prescription, de contrôles ciblés en cas de situations atypiques et d’indicateurs leur permettant de situer leur pratique.
À retenir
La maîtrise des dépenses ne repose plus uniquement sur des règles administratives ou des campagnes nationales. Elle passe aussi par des outils directement intégrés au quotidien des soignants.
